人類が宇宙へと広がったはるか未来。
宇宙は人間を含む数々の種族たちが参加する宇宙連邦政府によってゆるやかに結束していた。
主人公・イリスとその相棒メイリィは連邦保安軍『ＳＳＦ』の第101特殊装甲中隊に所属する美女中尉にして敵も恐れるエースパイロット。
第101特殊装甲中隊は、『装甲騎』と呼ばれる人型機動兵器が配備された最新鋭の部隊で、隊長が女性でその隊員もほぼ女性で構成されていることから通称『装甲騎女』と呼ばれていた―――

極端な女性蔑視の風習が根強く残る惑星レフト、そこで跋扈する人身売買ネットワークを次々と強襲しては撲滅を目指すイリスとメイリィ。警察的な治安維持活動も、ＳＳＦの任務に含まれており、人身売買ネットワークの撲滅は彼女たちの日課でありある意味、「悪人に何をしても許される」という彼女たち特有の正義の解釈から、ストレス解消にもなっていた。

そんなある日、惑星レフトの宇宙連邦政府に反発する都市が結束して地域的紛争が勃発、宇宙連邦政府に属する都市への攻撃を開始する。装甲騎女ももちろん派遣されるが、激戦の中、メイリィ機がやがてイリス機が大破してしまう。そしてイリスが目覚めたときには、戦場のハイエナ、戦場荒しのオーク人に囚われていたのだった。
そのままイリスは奴隷として、敵対勢力の都市ミリオン・通称ダークタウンへ連行される。
奴隷商人を狩っていた自分が、皮肉にも、その奴隷商人に売られる商品になるという運命に悲嘆しながら。
果たして行方不明の相棒メイリィの行方は！？　囚われのイリスの運命は！？
悪が肯定され、善が嘲笑される地獄の都市で、イリスとメイリィの戦いが始まる―――！！